Perdana Menteri Obuchi diserang angin ahmar pada April 2000 dan digantikan oleh Yoshirō Mori. Selepas Parti Liberal meninggalkan gabungan itu pada April 2000, Perdana Menteri Mori mengalu-alukan kumpulan serpihan Parti Liberal, Parti Konservatif Baru, ke dalam gabungan pemerintah. Gabungan tiga parti yang terdiri daripada LDP, Komeito Baru, dan Parti Konservatif Baru mengekalkan majoritinya dalam Diet selepas pilihan raya Dewan Rendah Jun 2000.

Selepas setahun memegang jawatan di mana beliau menyaksikan peratus sokongan menjunam ke satu digit, Perdana Menteri Mori bersetuju untuk mengadakan pilihan raya awal bagi jawatan presiden LDP untuk meningkatkan peluang partinya dalam pilihan raya Dewan Tinggi Julai 2001 yang penting. Pada 24 April 2001, menunggang gelombang keinginan akar umbi untuk perubahan, ahli politik Junichiro Koizumi mengalahkan bekas Perdana Menteri Hashimoto dan penyokong parti lain atas platform reformasi ekonomi dan politik.

Koizumi telah dipilih sebagai Perdana Menteri Jepun ke-56 pada 26 April 2001. Pada 11 Oktober 2003, Perdana Menteri Koizumi membubarkan dewan rakyat dan beliau telah dipilih semula sebagai presiden LDP. Begitu juga, pada tahun itu, LDP memenangi pilihan raya umum, dengan peristiwa yang sama berlaku semasa pilihan raya Dewan Tinggi 2004 juga.

Dalam satu langkah yang jitu, pada 8 Ogos 2005, Perdana Menteri Junichiro Koizumi menggesa untuk mengadakan pilihan raya umum mengejut kepada dewan rakyat, selepas penyokong LDP dan ahli parlimen DPJ pembangkang menewaskan cadangannya untuk reformasi berskala besar dan penswastaan Japan Post, yang selain menjadi monopoli pos milik negara Jepun boleh dikatakan sebagai institusi kewangan terbesar di dunia, dengan hampir 331 trilion yen aset. Pilihan raya itu dijadualkan pada 11 September 2005, dengan LDP mencapai kemenangan besar di bawah pimpinan Junichiro Koizumi.

Tiada perdana menteri kecuali Koizumi mendapat sokongan orang ramai sejak 2006, dan LDP kurang mendapat sambutan. Pada 26 September 2006, Presiden LDP baharu Shinzo Abe telah dipilih oleh sesi khas Diet Kebangsaan untuk menggantikan Junichiro Koizumi sebagai Perdana Menteri seterusnya. Beliau adalah perdana menteri termuda Jepun selepas Perang Dunia II dan yang pertama dilahirkan selepas perang. Pada 12 September 2007, Abe mengejutkan Jepun dengan mengumumkan peletakan jawatannya. Dia digantikan oleh Yasuo Fukuda, seorang veteran LDP.

Dalam pada itu, pada 4 November 2007, ketua parti pembangkang utama, Ichirō Ozawa mengumumkan peletakan jawatannya daripada jawatan presiden parti, selepas kontroversi tawaran kepada DPJ untuk menyertai gabungan pemerintah dalam gabungan besar[4].

Pada 11 Januari 2008, Perdana Menteri Yasuo Fukuda memaksa rang undang-undang membenarkan kapal meneruskan misi mengisi minyak di Lautan Hindi bagi menyokong operasi yang diketuai AS di Afghanistan. Untuk berbuat demikian, PM Fukuda menggunakan majoriti besar LDP di Dewan Rendah untuk mengabaikan "tiada undi" sebelumnya dari Dewan Tinggi yang dikuasai pembangkang. Ini adalah kali pertama dalam 50 tahun Dewan Rendah mengundi untuk mengabaikan pendapat Dewan Tinggi. Fukuda meletak jawatan secara tiba-tiba pada 1 September 2008, hanya beberapa minggu selepas merombak kabinetnya. Ia menyebabkan pemilihan kepimpinan dalam LDP, dan pemenang, Tarō Aso (cucu Shigeru Yoshida) telah dipilih sebagai presiden LDP baharu pada 24 September 2008, beliau dilantik sebagai Perdana Menteri ke-92 selepas Dewan Rakyat mengundi memihak kepadanya dalam sesi luar biasa Diet Kebangsaan. [5]Kemudian, pada 21 Julai 2009, Perdana Menteri Aso membubarkan Dewan Rakyat dan pilihan raya umum diadakan pada 30 Ogos. [6]

Keputusan pilihan raya untuk Dewan Rakyat telah diumumkan pada 30 dan 31 Ogos 2009. DPJ parti pembangkang yang diketuai oleh Yukio Hatoyama (cucu Ichirō Hatoyama ), memenangi majoriti dengan memperoleh 308 kerusi (10 kerusi dimenangi oleh sekutunya Parti Demokratik Sosial dan Parti Baru Rakyat). Pada 16 September 2009, ketua DPJ, Hatoyama telah dipilih oleh Dewan Rakyat sebagai Perdana Menteri Jepun ke-93.